Q.1つのwagbyappに複数のアプリケーションを配置することは可能でしょうか？

下記のサイトに、アプリケーションのデプロイ手順が記載されていると思います。
https://wagby.com/wdn9/tuning-deploy.html

ダウンロードした Tomcat をインストールします。標準の Tomcat に含まれている webapps フォルダ内のファイルをすべて削除したあと、上で作成したWARファイルを webapps フォルダにコピーします。

と移行手順の記載がありますが、webapps内には複数のアプリケーションをデプロイすることは推奨されていないのでしょうか。
DBの接続などは同じ前提です。
また、推奨されていない場合は、wagbyappの名前を変更して起動ポートを分けることになるのでしょうか。

【回答】
本件ですが、運用に関することですので、原則アプリケーションを運用されるお客差へお任せをしております。
ただ、標準的な使い方は Wagby に同梱されているTomcat を使った
一つのアプリケーション (wagbyapp) の起動と停止ですので、独自デプロイについての問い合わせは
Premium Support にて承ることが可能です。

メーカ開発チームでは、障害切り分けの容易さ、という観点から

> wagbyappの名前を変更して起動ポートを分けることになるのでしょうか。

を推奨したい、とのことでございました。